Cami 1559 yılında Sultan Süleyman tarafından oğlu Şehzade Cihangir için Mimar Sinan’a yaptırıldı. Önceki yapısı ahşap olan cami tarih boyunca geçirdiği yangınların ardından son olarak 2. Abdülhamid tarafından 1890 yılında yenilendi.
Zamanla dış yapısında çatlaklar ve bozulmalar oluşan camide Ağustos 2015’te başlayan restorasyon çalışması dün bitti. Cihangir Camisi Kültür ve Turizm Bakanı Mehmet Nuri Ersoy’un da katıldığı törenle cuma namazından önce ibadete açıldı. Vakıflar Genel müdürlüğü tarafından yapılan restorasyon çalışmasında 17 milyon 765 bin 780 TL harcandı.