Devlet yönetiminde, erklerin yanı sıra bu erklerle bağlantılı kurullar, kurumlar ve ofisler de bulunmaktadır. Bu yapılar, belirli konular üzerine uzmanlaşmış ve bu konularda çalışmalar yürüten özel organizasyonlardır. Bu organizasyonları, icracı ve icracı olmayanlar olarak iki gruba ayırabiliriz. İcracı olanlar, alanlarında aktif faaliyetler yürüten organizasyonlardır. İcracı olmayanlar, tavsiye niteliğinde destek hizmetleri sunmaktadır.
Merkez Anadolu Devlet Yönetimi Sistemi, geleneksel yaklaşımlardan farklı olarak, bu kurulların yürütme erkine bağlı olmamasını öngörmektedir. Yürütme erki, devlet yönetiminden ziyade siyasi yönetimin hâkim olduğu ve belli sınırlar içinde kalması ve gücünü o sınırlar içinde bulunan konulara vermesi gereken bir güçtür. Bağlı kurullar, kurumlar ve ofislerin yürütme erkine bağlanması, bu yapıların siyasi hale gelme riskini taşımaktadır. Zira siyaset kurumu, devlet organizasyonu içinde, üye ve parti sempatizanlarının istihdamı yoluyla kadrolaşma eğilimi gösterebilir. Bu durum, devlet yönetimindeki liyakat ilkesinin ihlaline yol açar. Bu nedenle, yürütme erkinin sınırları net bir şekilde belirlenmelidir. Yürütme erkini devlet olarak kabul etmek, devlet yönetimini zayıflatmak anlamına gelir. Bir ülkede devlet yönetimini etkisiz hale getirmek isteniyorsa, yürütme erkinin devlet olarak tanınması ve işleyişinin buna göre düzenlenmesi yeterlidir. Bu durum, sadece devlet için değil, toplumun kutuplaşması açısından da büyük bir tehlike arz etmektedir.
Kurulların hangi yapıya bağlanması gerektiği ve nedenleri:
Devlet Denetleme Kurulu, Diyanet İşleri Başkanlığı, Milli Güvenlik Kurulu, Genelkurmay Başkanlığı, Milli İstihbarat Teşkilatı, Savunma Sanayi Başkanlığı ve Strateji ve Bütçe Başkanlığı gibi kurullar, doğrudan yasama erkine bağlanmalı ve bu organizasyonlar meclise karşı sorumlu olmalıdır. Bu organizasyonların en üst yöneticisinin amiri meclis başkanı olmalıdır. Bu yapıların meclise karşı sorumlu olması, milli iradenin tecelli ettiği yer olan meclise, dolayısıyla dolaylı olarak topluma karşı bir sorumluluk ifade eder. Ayrıca, devlet yönetimi gruplarında siyaset ve bürokrasi unsurlarının bu organizasyonlardan ayrılması, denge sağlanmasına yardımcı olacaktır. İlgili organizasyon başkanlarının doğrudan meclis genel kuruluna hitap ederek çalışmaları hakkında bilgi vermesi en uygun yöntemdir. Bunun yanı sıra, her organizasyonun tam yetkiyle bağımsız bir şekilde çalışması büyük önem taşımaktadır. Her organizasyon, yılda bir kez, bütçe görüşmeleri öncesinde, yönetimsel faaliyetlerini meclis genel kuruluna sunarak bilgi vermelidir. Bütçe döneminde, denetim erkinin organizasyonu olan Ulusal Denetim Kurumu tarafından yapılan yönetimsel denetim sonuçları da meclise sunulacak ve bütçe konusu, her iki sunum sonucunda değerlendirilecektir. Böylece, tam bir şeffaflık ve bilgi ışığında süreç işleyecektir.
Bir konunun netleşmesi gerekmektedir. Eski çağ perspektifiyle bakıldığında, bu yapılanmalar imkânsız veya başarısızlıkla sonuçlanacak gibi görünebilir. Ancak, yeni çağın vizyonuyla değerlendirmek gerekmektedir. Geçmişe göre yapılan değerlendirmeler, yanlış tahlillere yol açabilir. Doğru bir değerlendirme yapmak için geleceğe odaklanmak önemlidir. Yönetimsel olarak en doğru yapılanmayı gerçekleştiren devletler, bu dönemde avantaj elde edecektir. Bu çağda, oyunun kuralları değil, oyunun kendisi değişmiştir. Bu değişim karşısında devletlerin organizasyonlarını ve yönetimlerini buna göre ayarlamaları gerekmektedir. Aksi takdirde, süper güçlü bir ülke olma hedefi gerçekleştirilemez.
Yeni çağın gerekliliklerini yerine getirmek ve geleceğe yönelik bir vizyonla devlet yönetimini uyumlu hale getirmek için son zamanlardayız. Bu fırsat değerlendirilmezse, yeni çağın süper güçlü ülkelerinden biri olma şansı kaybedilecektir. Bu nedenle, sistemsel ve kadrosal altyapı çalışmalarının bir an önce başlaması gerekmektedir. Aksi takdirde, yeni çağda da gelişmekte olan ülkelerden biri olarak birçok açıdan dışa bağımlı hale gelecektir.