Merkez Anadolu Devlet Yönetimi Sistemi, denetimli kuvvetler ayrılığı ilkesini benimsemektedir. Bu ilke, yasama, yürütme ve yargı erklerinin yanı sıra denetim erkini de kapsamaktadır. Denetim, sistemin merkezinde yer alır ve bu erkin başı cumhurbaşkanıdır; bu yapı Cumhurbaşkanlığı Denetim Sistemi olarak adlandırılır.
Denetim erki, genişletilmiş gölge kabine anlayışıyla faaliyet gösterir. Ulusal Denetim Kurumu, denetim işlevini tek çatı altında toplar ve her bir erk üyesi için bir temsilci atanır. Bu kurum, denetimlerini Cumhurbaşkanı adına Türk Milleti için gerçekleştirir. Ulusal Denetim Kurumu üyeleri, bakanlar gibi özlük ve dokunulmazlık haklarına sahiptir. Her bir üye, ihtiyaçları doğrultusunda maaş alır; bu durum, denetim kurumu üyelerinin bağımsız bir şekilde görevlerini yerine getirebilmeleri ve maddi etkilerden uzak kalmaları için gereklidir.
Kurum üyeleri, Cumhurbaşkanı tarafından denetlenir ve gerektiğinde Yüce Divan’da yargılanabilirler. Yüce Divan’a sevk işlemi yasama erki tarafından gerçekleştirilir. Böylece denetim erki üyeleri, denetlenme ve en yüksek düzeyde yargılanma imkânına sahip olurlar. Merkez Anadolu Devlet Yönetimi Sistemi’nde herkesin denetlenebilir ve hesap verebilir olması esastır.
Yönetimsel denetim, daha önceki devlet yönetimi yaklaşımlarında yer almayan, ancak Merkez Anadolu Devlet Yönetimi Sistemi’nin merkezinde bulunan bir konudur. Yönetimsel denetim, yönetimin yardımcı bir aracı değil, en önemli unsuru olarak kabul edilir. Bu alanda daha önce yeterince gelişme kaydedilmemiştir. Oysa devlet yönetimi, yeni çağda en kritik alanlardan biri haline gelecektir. Bu nedenle, devlet yönetimleri, sistemlerini ve insan kaynaklarını güçlendirmek zorundadır. İç cepheyi güçlendirmenin yolu, sağlam bir devlet yönetimi sistemi kurmak ve bu sistemde yer alan insan gücünü liyakat esasına göre yerleştirmektir. Liyakat kavramı, yeni çağda değişim göstermektedir ve Liyakat 5.0 olarak adlandırılan yeni bir tanıma göre belirlenmelidir. Liyakat 5.0 tanımı şu şekildedir:
Liyakat 5.0 = Bilgi + Deneyim + Vizyon + Ahlak + Psikolojik Yeterlilik
Bu tanıma göre, liyakat, işin gerektirdiği bilgi ve deneyime sahip, vizyon sahibi bireylerin, görevlerini etkili bir şekilde yerine getirebilmeleri için ahlaki ve psikolojik yeterliliklere sahip olmalarını ifade eder.
Devlet yönetimi organizasyonu içinde, merkezi teşkilatlardan taşra teşkilatlarına kadar, insan gücünün liyakat esasına göre seçilmesinin önündeki en büyük engel, siyaset kurumunun devlet yönetim yapısı içindeki varlığıdır. İktidarın parti üyeleri veya sempatizanları tarafından yönetilmesi, liyakatin önündeki en büyük engeli oluşturmuştur. Yeni çağda bu durumu aşmak ve siyasi ile bürokratik kurumları dengelemek amacıyla devlet yönetimi yapısı değiştirilmiştir. Yeni yapıda, siyaset ve bürokrasi kurumlarının yanı sıra devlet aklı ve teknokrasi kurumları da yer alacak ve toplamda dört grup oluşturulacaktır. Böylece geçmişteki siyaset ve bürokrasi arasındaki güç çatışması sona erecek ve devlet yönetimi yapısındaki güç dağılımı daha dengeli hale gelecektir. Bu durum, olası vesayet ve darbe girişimlerinin önüne geçilmesine de yardımcı olacaktır.
Merkez Anadolu Devlet Yönetimi Sistemi, Kıt’a Avrupası ve Anglo-Amerikan sistemlerindeki eksiklikleri gidererek, yeni çağın gereksinimlerine uygun bir yapı oluşturmuştur. Bu sistem, dinamik bir yapıya sahip olup, belirli değişmez ilkeler dışında toplumun ve dış dünyanın ihtiyaçlarına hızlı bir şekilde yanıt verebilecek şekilde tasarlanmıştır. Yaşayan bir sistem olmasının getirdiği esneklik ve değişimlere hızla uyum sağlamayı gerektirir. Denetim mekanizması, sistemin değişim ihtiyacını ortaya koyacak ve böylece işleyen sistem, denetim erki aracılığıyla sürekli sorgulanarak gelişmeye teşvik edilecektir. Bu da sistemin sürekli olarak ilerlemesini sağlayacaktır.